“反轉世界”是存在于這個(gè)世界內部的鏡子般不可思議的世界。那個(gè)美麗而規則的世界，是騎拉帝納棲居的特殊空間。然而帝牙盧卡和帕路奇犽的戰斗造成了時(shí)空的扭曲，“反轉世界”也因此完全被陰霾籠罩。由于自己的世界被污染而被激怒的騎拉帝納找到了帝牙盧卡，并想將其拖入反轉世界中。 　　“現實(shí)世界”，在繼續旅行的小智和皮卡丘一行的面前出現了一個(gè)小小的，幾乎看不見(jiàn)的精靈。那是有“花媚”之稱(chēng)的感謝神奇寶貝潔咪。被卷入帝牙盧卡和騎拉帝納的戰斗的潔咪在千鈞一發(fā)之際從反轉世界逃出。小智一行帶著(zhù)精疲力竭的潔咪前往神奇寶貝中心。 潔咪用心電感應將小智一行帶到了它的“葛拉西蒂亞花(グラシデア)花田”，并告訴他們在這“葛拉西蒂亞花”中隱藏著(zhù)巨大的秘密。正準備離開(kāi)神奇寶貝中心的小智等人遇到了前來(lái)捕捉潔咪的火箭隊。而與此同時(shí)，神奇寶貝中心外的裝飾品的鏡面上出現了“次元旋渦”，將火箭隊、潔咪連同小智一行人一起全部帶往了反轉世界。 　　從次元旋渦中脫出的小智一行人環(huán)顧四周，這里是倒立著(zhù)一排排建筑物，空中處處漂浮著(zhù)烏云的，廣大而不可思議的反轉世界。 　　就在這時(shí)，騎拉帝納突然出現，向潔咪發(fā)動(dòng)攻擊。小智等人正要與騎拉帝納對抗，卻傳來(lái)制止之聲。說(shuō)話(huà)者是名叫穆玄·葛雷斯藍多的學(xué)者，他告訴小智等人不可以讓騎拉帝納生氣。 　　正在小智一行在穆玄·葛雷斯藍多的幫助下向現實(shí)世界回返之時(shí)，企圖利用騎拉帝納的力量支配世界的，駕駛著(zhù)高科技母艦“百萬(wàn)力霸”的謎之青年，杰洛出現了。和潔咪一起繼續著(zhù)探索花園之旅的小智一行沒(méi)能逃過(guò)杰洛的追蹤。 　　前所未有的冒險之旅的高潮，等待著(zhù)你的是超越想像的“美麗奇跡”!